Yamaha wr 125, Konstruksi kepala silindernya mirip Yamaha Jupiter MX atau Yamaha Vixion. Tiap rocker arm menggerakan dua katup atau klep. Sistem pendingin sudah pakai radiator bukan mengandalkan sirip di blok silindernya, Kapasitas mesinnya memang hanya 124,7cc, tapi Yamaha mengklaim powernya mencapai 14,7 dk. Bandingkan dengan Kawasaki KLX 150, khusus di Indonesia kapasitas mesinnya memang ditingkatkan hingga 150cc tapi powernya hanya 11,7 dk.Begitu juga dengan tingginya Yamaha WR125R dan WR125X lebih jangkung, Sedang KLX 150 masih pakai lingkar roda 19 inci dan 16 inci.
Begitu juga dengan WR125X supermoto, kedua rodanya pakai roda berdiameter 17 inci. Yamaha WR125R dan WR125X tampil lebih futuristik,lebar body dan stang membantu kestabilan motor. Yamaha menciptakan motor Yamaha WR 125 bagi para crosser pemula, Kemampuan Yamaha WR 125 bagaikan supermotard.